En gros, ce genre d'erreur dépend de la façon dont Apache est configuré. Il faut regarder la log d'erreur du serveur Apache pour identifier la raison du problème.

C'est justement pour faire face à ce genre de situation que le panneau de configuration du .htaccess est segmenté en plusieurs bouts. Si l'une des trois options se plante, il suffit de jouer les deux autres, et yacs mettra dans le fichier final seulement ce qui marche.

Bien sûr, on peut aussi traiter sur le fond l'erreur rapportée par Apache, qu'il s'agisse de sa configuration, d'un module manquant, etc, puis repasser le panneau de configuration de yacs.